Trong một vũ trụ thay thế, một thiên thạch khổng lồ va vào Trái đất khiến các đại dương khô cạn. Một tổ chức có tên là Neo-ZECT được thành lập và Tendou Souji cho mượn sức mạnh của mình để giúp họ sử dụng một sao chổi đi ngang qua để lấp đầy đại dương của Trái đất.
