Bộ phim bắt đầu với Fuyuki Hinata và Trung đội Keroro khám phá một ngôi đền bỏ hoang ở thành phố Machu Picchu trên đỉnh núi ở Peru. Trong khi khám phá, Keroro vô tình đặt một cái bẫy, và tình cờ họ tìm thấy một căn phòng ẩn với một viên pha lê lớn màu xanh lam ở trung tâm, trên một giá đỡ có chìa khóa bên trong. Keroro dựa vào chiếc chìa khóa, khiến căn phòng kích hoạt một cỗ máy bí ẩn, điều này khiến toàn bộ ngôi đền rung chuyển. Ngay khi cả nhóm nhận ra chuyện gì đang xảy ra, họ chạy ra khỏi phòng. Trong khi chạy, Keroro vô tình làm mất Quả bóng Kero của mình trong khi Fuyuki thoáng thấy một phụ nữ trẻ đang phát sáng khi anh ta chạy ra ngoài, và nói với Keroro rằng có một cô gái trong phòng, nhưng anh ta buộc phải rời khỏi phòng trước khi có thể nói còn gì nữa không. Cả nhóm trốn thoát thành công,
