Chán nản với việc Sheryl bị bắt giữ, Alto, ngôi sao đang lên Ranka và nhiều thành viên khác trong đội quân của Frontier đã hợp tác để tiêu diệt cô ấy và loại bỏ mối đe dọa Vajra vẫn còn hiện hữu. Thật không may, cơ thể của Grace được Leon mang về, nghĩ rằng anh ta vẫn có ích cho cô. Xem xét viên đạn mà tay sai Brera Sterne của cô ấy đã găm vào đầu Leon, có thể nói rằng nó không diễn ra tốt đẹp. Ngoài ra, nếu có bất cứ thứ gì được tái chế từ chương trình trong bộ phim này, thì đó sẽ là các bên còn lại trong cuộc đối đầu cuối cùng, vì có bốn bên trong trận chiến trí tuệ và chinh phục hoành tráng này.
Nàng tiên vũ trụ, Sheryl Nome, cùng với Ranka Lee, Alto Saotome và hơn 10 triệu công dân du hành vũ trụ bằng hạm đội Macross Frontier nhằm tìm kiếm hành tinh mới. Những mối đe dọa từ Vajra, tộc ngoài hành tinh giống côn trùng, đã đẩy hạm đội Macross Frontier vào nguy hiểm. Liệu Alto và Ranka sẽ đạt được ước mơ của họ trong khi cuộc chiến giữa Macross Frontier và Vajra đang ngày càng gần hơn.
