Hai năm sau sự kiện của "Kidô senkan Nadeshiko" (1996), Akito và Yurika mất tích và được cho là đã chết, những kẻ thù cũ của Đại chiến là đồng minh, và thần đồng 14 tuổi được biến đổi gen Ruri Hoshino hiện là đội trưởng của Chiến hạm mới Nadesico. Khi một nhóm ly khai trên sao Hỏa bắt đầu một hành động quân sự được lên kế hoạch tốt, được thực hiện tốt và trên hết là thành công, chính phủ và quân đội kết hợp giữa Trái đất-Jovian bị tê liệt bởi sự nhầm lẫn và cãi vã nội bộ. Tùy thuộc vào Ruri để tập hợp lại phi hành đoàn gần như đã nghỉ hưu của Nadesico ban đầu để thực hiện một nhiệm vụ không được phép nhằm ngăn chặn những Người kế vị sao Hỏa, giải phóng sự kìm kẹp của họ trên phương tiện vận chuyển nhảy Boson và khám phá số phận của Akito và Yurika
