Tracker mùa 3 tiếp tục theo chân Colter Shaw (Justin Hartley), một người sống đơn độc săn tiền thưởng bằng cách sử dụng kỹ năng theo dấu tuyệt vời của mình để tìm kiếm người bị mất tích. Mùa 3 tập trung vào hệ quả từ những tiết lộ gây sốc ở cuối mùa 2 về cái chết của bố Colter. Anh buộc phải đối mặt với quá khứ đen tối của gia đình, đặc biệt là mối quan hệ phức tạp với anh trai Russell Shaw (Jensen Ackles), người mà anh đã từng nghi ngờ đã sát hại bố mình. Mùa phim bắt đầu bằng một cuộc đối thoại chân thành giữa Colter và Russell, nơi Colter xin lỗi vì đã tin mẹ và nghi ngờ anh trai. Hai anh em giờ đây bị buộc phải hợp tác để điều tra bí ẩn về cái chết của bố mình và tìm kiếm sự bình yên trong gia đình. Giữa lúc giải quyết vấn đề cá nhân, Colter và Russell bị cuốn vào một vụ án bắt cóc phức tạp, dẫn họ đến việc phải đối mặt với một tổ chức nguy hiểm có tên là "The Process". Tổ chức này thao túng và ép buộc người khác phạm tội, đe dọa đến những người thân yêu của họ nếu họ không làm theo. Colter và Russell, thay vì đi săn kẻ tình nghi, lại bị chính tổ chức bí ẩn này săn lùng.